Филопон е християнин, а същевременно и ученик на Амоний Хермий в неоплатоническата школа в Александрия, като вероятно се е занимавал с подредбата и издаването на коментарите на последния върху Аристотел. От експерт върху Аристотел и неоплатоническите коментари върху творчеството му Филопон се превръща в техен критик. И то в началото на епоха, през която името на Аристотел започва да се асоциира с неоспорван авторитет.
Филопон атакува особено остро ученията на Аристотел за природата на етера, движението и светлината. Повече от 10 века по-късно Галилео Галилей дори се позовава на него, когато отхвърля Аристотеловото учение за движението и предлага теорията за инерцията. Понастоящем името на Йоан Филопон се свързва с един по-трезв и емпиричен подход в натурфилософията през времена когато са доминирали неоплатоническите и перипатетическите модели.
Филопон е особено известен с два трактата, единия Срещу Прокъл, другия Срещу Аристотел, в които оспорва аргументите на последните в полза на вечността на света. При все че критиката му, разбира се, е мотивирана от християнския креационизъм, контра-аргументите на Филопон са изцяло рационални и той не се позовава на Библейския наратив.
Филопон впрочем означава на гръцки 'любящ труда'.
За идеите му виж по-подробно тук.
Български превод на негов текст в сборника: Неоплатонизъм и християнство. Част І: Гръцката традиция ІІІ – ІV век. С., 2002, "Лик"
